學(xué)校始建于1951年，前身是西南區(qū)川南醫(yī)士學(xué)校，1959年升格為瀘州醫(yī)學(xué)專科學(xué)校，1978年升格為本科院校并更名為瀘州醫(yī)學(xué)院，1982年獲得學(xué)士學(xué)位授予權(quán)，1993年成為碩士學(xué)位授予單位，2001年開始聯(lián)合培養(yǎng)博士，2004年起開展留學(xué)本科生學(xué)歷教育，2010年獲準(zhǔn)設(shè)立博士后科研工作站，2015年更名為西南醫(yī)科大學(xué)。學(xué)校是推薦優(yōu)秀應(yīng)屆本科畢業(yè)生免試攻讀碩士研究生資格單位，是四川省依法治校示范學(xué)校、四川省文明校園、四川省高等學(xué)校教育信息化示范學(xué)校。2014年被列入四川省新增博士學(xué)位授予單位立項(xiàng)建設(shè)規(guī)劃，2016年被列入立項(xiàng)建設(shè)單位。