南中醫藥大學的前身是創建于1953年的河南中醫進修學校，1958年9月，河南中醫學院成立；1981年，學校被批準為首批碩士學位授予單位，2009年1月被確定為博士學位授權建設單位；2012年，學校成為“國家中西部高等教育振興計劃”高校；2016年1月26日，教育部批準河南中醫學院更名為河南中醫藥大學；2016年3月10日，河南中醫學院正式更名為河南中醫藥大學。