學校前身為廈門護士學校、廈門醫士學校、廈門助產學校，1953年因該地醫學類學校師資力量薄弱，三校整合成立了福建廈門衛生學校；廈門衛生學校為市屬中專。2007年經教育部批準改名為廈門醫學高等�？茖W校；2016年3月經國家教育部批準成立廈門醫學院。